北京协和医学院与中国医学科学院实行院校合一的管理体制，是一所医教研一体、培养高层次医学拔尖创新人才的国家级医学科研机构和医学院校。基础学院俨然有近百年历史。所（院）以学科建设为基础，重视科研发展与人才培养，现有15个学系和一个对国内外开放的医学分子生物学国家重点实验室，一个国家级基础医学实验教学示范中心。承担着科研和教学两大任务。

生物化学与分子生物学系的前身为原北京协和医学院（Peking Union Medical College）生物化学系，是我国著名的生物化学家吴宪教授于1920年组建的，并担任首任系主任。学系曾在蛋白质变性理论、营养学和免疫化学等研究领域取得了蜚声国际的成就，并为我国近代生物化学学科建立和发展培养了大批人才。新中国成立60多年来，生化学系不断发展壮大，1989年、2004年连续两次被批准为“国家高等学校重点学科点”；1991年通过论证，建立了以生化学系为主体的“医学分子生物学国家重点实验室”。

生化学系现已建成了以中青年科学家为骨干的科研队伍，承担了大量国家重要科研项目。生化党支部由职工党员和学生党员构成，党员人数约为全系师生人数的为1/3，30岁以下的青年党员约占全体党员人数的2/3。思维活跃，充满蓬勃朝气和旺盛活力。支部组建了由中青年党员为骨干的支部委员会，组织和开展支部活动，形成了人人争先进、个个创佳绩的良好竞争氛围。目前党支部没有专职干部，从支部书记到支部委员都是由职工和学生兼职担任。