新冠肺炎疫情发生后，理学院认真贯彻落实党中央和上级决策部署，按照学校《关于进一步做好新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控工作的通知》《南京理工大学疫情防控工作实施方案》的具体要求，迅速投入到防控疫情的“攻坚保卫战”中。
一是在履职尽责中勇担当，学院党委 、各党支部、党员干部坚定站在疫情防控第一线 。学院第一时间成立疫情防控工作领导小组研究防控工作，明确责任分工；领导干部带头到岗值班，靠前指挥防控工作；各党支部压实工作责任，确保将疫情防控工作落实到每一名师生，做到不留死角、全覆盖，“一个都不能少”。
二是在务实重干中练作风，把疫情防控工作作为巩固拓展主题教育成果的“主战场”。凡是学校围绕疫情防控工作的指示文件、部署通知、数据统计要求，学院都能够做到迅速上情下达，掌握了解师生的真实信息和精准动态。建立从疫区（含途径）返宁人员的党员干部“一对一”联系制度，把党的政治优势、组织优势、密切联系群众优势转化为疫情防控的强大动力。
三是在宣传引导中造氛围，把疫情防控当作讲党性的试金石和磨刀石。号召党员带头在疫情防控中亮身份、当先锋、作表率，主动关心了解师生身体状况，及时回应师生关切的问题。积极进行科学防护知识普及教育，引导师生不传谣、不信谣，通过有效的宣传引导，营造良好学院氛围，凝聚共克时艰的强大正能量。
四是在不延教、不延学上做保障，以线上教学为抓手提升管理精细化和治理效能 。理学院承担着绝大部分学校基础课程的教学任务，为最大程度减少疫情对教学工作的影响，理学院成立延期返校“线上教学工作组”，为教师开展线上教学提供指导与咨询服务，汇总共性问题，向学院和学校服务保障人员统一咨询并反馈教师，协调建立课程微信群、课程 QQ 群，确保教学标准不缩水、教学质量不下降。